メルペイは、20201年3月8日（月）より、Mastercard加盟店で利用できるバーチャルカードの発行を開始した。
即時発行できるバーチャルカードは「アプリでかんたん本人確認」と「メルペイスマート払い」の設定が必要だ。発行完了後、「メルペイスマート払い」の利用額限度の範囲内でMastercardオンライン加盟店で利用する事ができる。
メルペイ画面の「ネットショップで決済」を選択し、画面の案内から設定を行う。アプリに表示されているカード番号をECサイトに入力することで決済が可能だ。
なお、Mastercard加盟店でも海外のwebサイトや公共料金の支払い、月額・継続決済の利用、交通系ICカードのチャージなどは利用できない。
なお、不正利用などの対策として、アプリからカードを停止・再開することもできる。