メルペイは、2019年5月20日（月）より、北九州銀行、熊本銀行、七十七銀行、常陽銀行、親和銀行、福岡銀行、北洋銀行、もみじ銀行、山口銀行、山梨中央銀行と連携した。
北九州銀行、熊本銀行、七十七銀行、常陽銀行、親和銀行、福岡銀行、北洋銀行、もみじ銀行、山口銀行、山梨中央銀行の口座を保有している方は、メルペイのアプリにそれぞれの銀行口座を登録する事で、リアルタイムに銀行口座からメルペイにチャージすることができるようになった。
銀行口座の連携は初回のみ登録が必要となるが、2回目以降はメルペイのアプリだけでチャージが完了する。
メルペイは、フリマアプリのメルカリの売上金を日常の買い物に利用できる特徴があり、今回の連携で残高が足りない場合は対象銀行口座からチャージすることで、非接触決済サービスiDやコンビニ、レストラン、ドラッグストアなどのメルペイのコード決済対象店で利用する事ができる。