ココカラファインは、2019年6月1日（土）より、スマホ決済サービスのPayPayを導入すると発表した。
PayPayは、事前にチャージしたりクレジットカードを登録し、アプリに表示されたバーコードやQRコードを読み取ってもらうなどで支払うことができるサービスだ。
支払時にはPayPay残高またはYahoo!マネーでの支払い、Yahoo! JAPANカードからの支払時は3％のPayPayボーナスを獲得でき、それ以外のクレジットカードの場合は0.5％のPayPayボーナスだ。
また、6月から開始する「いつもどこかでワクワクペイペイ」ではドラッグストアで最大20％のPayPayボーナスを獲得できる。ソフトバンクスマホユーザーやワイモバイルスマホユーザー、Yahoo!プレミアム会員の場合、PayPay残高またはYahoo!マネーでの支払いで20％、Yahoo! JAPANカードの支払いで19％、それ以外のPayPayユーザーの場合は、PayPay残高またはYahoo!マネー、Yahoo! JAPANカードの付与率は10％、他社のクレジットカードの場合は0.5％還元となる。
PayPayを利用できるココカラファイングループのドラッグストア・調剤薬局はココカラファイン、セイジョー、セガミ、ジップドラッグ、ライフォート、コダマなどとなる。