フレッシュネスバーガーでは、2019年12月11日（水）より、スマホ決済サービス「au PAY」を導入した。
限定のクーポンを配信しているフレッシュネスバーガー公式アプリと合わせて利用する事が可能だ。
au PAYで支払うと、利用金額200円（税込）につき1 au WALLETポイントを獲得できる。auスマートパスプレミアム会員の場合は200円（税込）につき3 au WALLETポイントを獲得可能だ。
フレッシュネスバーガーでは、au PAY以外にもLINE Pay、PayPay、d払い、楽天ペイ（アプリ決済）を利用する事ができる。