ミスタードーナツでは、2022年9月5日（月）より、コード決済サービスのメルペイと楽天ペイを導入した。
au PAYやd払い、PayPayでの支払いには対応していたが、新たにメルペイや楽天ペイの利用者は、ミスタードーナツでの支払時にアプリに表示されているバーコードを読み取ってもらう事で支払う事が可能となった。
楽天ペイの場合は、楽天カードから楽天キャッシュにチャージし、楽天キャッシュを利用して楽天ペイで支払うと1.5％の楽天ポイントを獲得可能だ。
なお、ミスタードーナツでは楽天ポイントカードとdポイントカードに対応しており、支払時に提示する事で楽天ポイントやdポイントを獲得できる。