バニラ・エアは、2018年3月29日（木）より、公式ウェブサイトでの航空券購入の決済手段としてApple Payを導入した。
航空券購入時に毎回クレジットカードを入力しなければならなかったが、Apple Payの導入により、簡単でスピーディに航空券が購入できるようになった。
日本サイトではMastercardとアメリカン・エキスプレスでの決済ができ、台湾サイトではVisa、Mastercard、香港サイトではVisa、Mastercard、アメリカン・エキスプレスの利用が可能だ。
なお、今後Google Payの対応も予定しているが、台湾サイトと香港サイトでは、Visa、Mastercard、アメリカン・エキスプレスで対応済みとなっている。