JAL・ANA共同で出資している、国内線航空券のインターネット予約・チケットレス販売を手がける国内線ドットコムは、楽天トラベルとの業務拡大を行った。具体的には、楽天トラベルサイトから国内線ドットコムの航空券を購入すると、楽天スーパーポイントが1％貯まる。また、購入時にANA・JALのマイレージ番号を入力すると、それぞれのマイルも貯めることが可能だ。
2013年限定で、国内線ドットコムポイントも提供していたが、現時点では終了している。ただし、今後再開する予定もあり、再開の場合は楽天スーパーポイント、国内線ドットコムポイント、それぞれのマイルの3つのポイントを同時に貯めることが可能となる。