PayPayは、2022年8月10日（水）に更新したバージョン3.52.0より、「支払いの優先順位」を追加した。
「支払いの優先順位」は、「PayPayあと払い」や「PayPay残高」「クレジットカード」から支払い方法の優先順位を設定することができる。優先度を最も高く設定した支払い方法は、全ての端末での決済で優先される。優先順位を高く設定した支払い方法で決済できなかった場合、次に優先順位の高い支払い方法に自動で切り替わる。
アプリトップ画面の「すべて」から「支払い管理」を選択すると、優先順位をドラッグ操作で簡単に変更する事が可能だ。なお、クレジットカードを一番優先度の高い支払い方法に設定することはできない。