LINE Payは、2019年4月15日（月）より、肥後銀行と提携し、同行の口座保有者は直接LINE Payにチャージできるサービスを開始した。
肥後銀行に口座を保有しているユーザーは、LINE Payのチャージ画面で、肥後銀行を選択し、一度口座を登録する事で、2回目以降はアプリ操作のみで登録した口座からLINE Payにチャージすることができるようになる。
チャージしたLINE Pay残高は、提携しているコード決済加盟店で利用したり、LINE Payプリペイドカード等で利用する事が可能だ。コード決済時には2019年7月末まで3％のLINEポイントが貯まり、前月の利用実績に応じて最大2％のLINEポイントも別途貯まる。貯まったLINEポイントは、1ポイント＝1円としてLINE Pay残高にチャージしたり、直接コード決済で1ポイント＝1円として利用する事もできる。
なお、2019年4月1日（月）～4月30日（火）までは、初めて銀行口座から1,000円以上チャージすると、500円相当がプレゼントされるキャンペーンも実施中だ。