PayPayでは、2021年10月以降から加盟店の決済システム手数料を1.60％または1.98％で設定する。
決済システム手数料は、店舗の集客に活用できる「PayPayマイストア ライトプラン」への契約状況に応じて変動。「PayPayマイストア ライトプラン」加入の場合の決済システム手数料は1.60％となる。PayPayマイストア ライトプラン未加入の場合の決済システム手数料は1.98％だ。
PayPayマイストア ライトプランは月額1,980円（税抜）となり、PayPayクーポンの発行など、加盟店が販売活動に活用できる加盟店向けのサービスを利用できる。
PayPayマイストア ライトプランに加入すると最大6ヵ月間PayPay決済合計に3％を加盟店に還元するキャンペーンを実施。また、PayPayマイストア ライトプランのトライアルキャンペーンを実施中となり、初期費用と月額利用料の最大2ヵ月無料となる。