PayPayでは、2021年3月31日（水）より、PayPayボーナスを貯められる「ボーナス利用設定機能」を追加した。
PayPay利用時には、PayPayボーナスから優先的にに使われていたが、PayPayボーナスを貯めるか、使うかを選ぶことができるようになった。
PayPayアプリの「残高」画面から変更する事ができ、PayPayボーナスの利用設定を表示し、変更をタップすることで利用方法の選択が可能だ。初期設定では「PayPayボーナスを使う」が選択されている。なお、「ボーナス運用」で自動追加設定済みの場合は「自動運用中」が選択される。「支払う」画面から変更もでき、加盟店のQRコードを読み取る支払い時には、PayPayボーナスを利用するかどうか選択可能だ。
Yahoo!ショッピングでPayPayでの支払いの場合は、PayPay残高を利用するにチェックを入れ、「PayPayボーナス」を「貯める」か「使う」を切り替えるとPayPayボーナスを貯めたり、使ったりする事ができる。