コスモファーマグループでは、2020年6月4日（木）より、「コスモ調剤薬局」などでスマホ決済サービスの「PayPay」と「メルペイ」を導入した。
メルペイはメルカリの売上金を利用できるスマホ決済サービスとなり、銀行口座を登録してチャージすると残高の範囲内で支払う事が可能だ。
PayPayはチャージしたり、クレジットカードを紐付ける事で支払う事ができるサービスとなる。PayPay残高での支払い時には0.5～1.5％のPayPayボーナスを獲得することができる。
メルペイやPayPayでの支払いは、提示されたQRコードを読み取って金額を入力したり、アプリに表示されたQRコードやバーコードを読み取ってもらうことで支払う事が可能だ。なお、メルペイの場合はiD加盟店でも利用する事ができる。