メルペイは、2020年9月1日（火）より開始するマイナポイント事業で、キャッシュレス決済事業者としてメルペイを登録して決済すると、最大30％のポイントが還元されるキャンペーンを実施する。
マイナポイント事業は、2020年9月1日（火）以降に開始され、マイナンバーカードに事前にキャッシュレス決済事業者を紐付ける事で、最大25％のポイントを受け取ることができる事業となる。2万円チャージまたは利用すると上限5,000円分までのポイントが還元される。
7月1日（水）以降、キャッシュレス事業者の登録が可能となり、キャッシュレス事業者にメルペイを登録し、メルペイの本人確認が完了している場合、9月1日（火）以降にメルペイで決済すると＋1,000円分のポイントが上乗せされる。
マイナポイント事業で還元される上限は5,000円分となり、合計6,000円分の還元を受ける事ができる。