PayPayは、2020年6月1日（月）より、ビデオ通話を利用したオンライン診療やし服薬指導に対して、PayPayを使った簡便なオンライン支払い機能の提供を開始した。
新型コロナウイルス感染症の拡大を受け、オンライン診療などのニーズが高まる中、厚生労働省は電話や情報通信機器を用いた診療等の時限的・特例的な取り扱いについて発表した。
医療機関などの加盟店は、ビデオ通話を通じて診療や服薬指導を行った後、画面上で利用者にオンライン診察専用のPapPayのQRコードを提示することで、その場でPayPayで診察料や処方箋料を受け取ることができる。なお、既にPayPay加盟店であっても、実店舗で利用している加盟店用QRコードをオンライン上で利用するのは加盟店違反となる。
利用者は病院や薬局の担当者に支払金額を確認し、提示されたQRコードが写った画面をスクリーンショットして保存。PayPayアプリを立ち上げ「スキャン」をタップ。スキャン支払い画面の右下に表示されているフラッシュマークの上にある「写真（アルバム）」マークをタップ。指示された金額を入力して支払う。クレジットカードでの支払いはできず、PayPay残高のみ支払いが可能だ。