メルペイは、2020年2月19日（水）より、肥後銀行と連携を開始した。
メルペイはフリマアプリ「メルカリ」の売上金を日常の買い物で利用できるサービスとなる。コード決済加盟店やiD加盟店で売上金の利用が可能だ。コンビニエンスストアやスーパーマーケット、ドラッグストアなどで利用できる。
なお、残高が足りない場合は対象の銀行口座を登録する事で口座からチャージして利用する事ができる。新たに肥後銀行の口座連携が開始し、肥後銀行の口座保有者はメルペイに登録する事で、アプリ操作だけでチャージして利用する事が可能となった。