マガシークが運営する「MAGASEEK」では、2019年11月5日（火）より、スマホ決済サービス「メルペイ」を導入した。
メルペイは、メルカリの売上金をiD加盟店やコード決済加盟店で利用でき、銀行口座を登録するとチャージして利用する事ができる。一度、銀行口座を登録すると、メルペイだけでチャージ操作が可能となる。
MAGASEEKでの支払方法を選択する際、メルペイ（メルカリアプリでお支払い）を選択するとメルカリのアプリが起動する。利用金額が確認されるため確定すると支払いが完了する。
MAGASEEKでは、メルペイの他、クレジットカードやd払い、後払いサービスのPaidyを利用する事ができる。