ほっかほっか亭では、2019年9月より、スマホ決済サービスのPayPayやメルペイ、LINE Pay等を導入した。
対象のコード決済サービスはPayPay、メルペイ、LINE Pay、au PAY、楽天ペイ（アプリ決済）、d払いの7社サービスとなり、Origami Payは10月1日（火）より開始する。また、AlipayとWeChat Payの利用も可能だ。
スマホ決済サービスは、事前にアプリをダウンロードし、銀行口座を登録したり、クレジットカードを登録し、提示されたQRコードをアプリで読み取ったり、アプリに表示されたQRコードやバーコードを読み取ってもらうことで支払う事ができる。
支払い時には、クレジットカードのポイントが貯まったり、残高がキャッシュバックされる場合もある。d払いや楽天ペイ（アプリ決済）、au PAYは基本的に0.5％のポイントを獲得できる。d払い、楽天ペイ（アプリ決済）の場合は別途クレジットカードのポイントも獲得可能だ。PayPayは支払方法に応じて最大3％のPayPayボーナスを獲得でき、LINE Payは前月の利用実績に応じて0.5％～2％のLINE Payボーナスを獲得できる。
ほっかほっか亭ではアプリに表示されたバーコードを読み取ってもらうことで支払いが完了する。