メルペイは、2019年3月25日（月）より、アプリ内で表示されたバーコードやQRコードを読み取ってもらうことで、メルペイの残高から支払うことが出来るサービスを開始する。
3月14日（木）よりiOSでの提供を開始し、Androidも近日中に提供開始予定となっている。
3月25日（月）より、ローソンなどの全国45万箇所の加盟店で利用できる。「メルペイ」の「コード払い」をタップすると表示されるバーコードやQRコードを読み取ってもらうと支払が完了する。なお、今後は、店舗が提示したQRコードをメルペイアプリで読み取る方式にも対応予定だ。
コード決済対象店舗は約45万箇所となり、既に利用できるiD加盟店は90万箇所を合わせると、合計135万箇所でメルペイの利用が可能となる。