PayPayは、2019年1月21日（月）より、本人認証サービス（3Dセキュア）に対応した。
本人証サービスは、事前にクレジットカード会社に登録したパスワードなどを入力することで本人認証を行う。
1月21日（月）以降に本人認証サービスに対応したクレジットカードを登録する場合「クレジットカード番号」「有効期限」「セキュリティコード」の入力後に各クレジットカード会社の認証ページに遷移する。認証後はPayPayのクレジットカード利用時の上限金額が25万円（過去30日）にアップする。
既に本人認証サービス対応のクレジットカードを登録している場合は、PayPayの支払方法設定画面から本人認証ができるようになり、利用上限がアップする。
| 24時間以内 | 過去30日以内 | |
| 本人認証済み | 合計25万円 | |
| 本人認証未設定 | 合計2万円 | 合計5万円 |
なお、複数枚のクレジットカードを登録し、1枚のみ本人認証をしていた場合、そのカードの引落の場合は25万までの上限となるが、本人認証していないカードの利用時には、24時間以内の2万円、30日以内の5万円の上限が適用される。
なお、複数枚で全て本人認証をしていた場合でも、合計25万円の上限は変わらない。例えば、3枚のカードを登録し、全て本人認証サービスの登録をしたとしても、過去30日間で利用できる上限金額は25万円となる。