PayPayは、2019年1月より、クレジットカード登録時に3Dセキュア（本人認証サービス）に対応すると発表した。
現在は、クレジットカード登録時にクレジットカード番号、有効期限、セキュリティコードで登録でき、外部で入手したクレジットカード情報を利用した不正利用被害があったため、2019年1月からは3Dセキュアによるパスワード入力が必要となる。3Dセキュアに対応していないクレジットカードの場合は登録ができなくなる。
なお、3Dセキュアの対応が完了するまでの対策として、2018年12月21日（金）に、クレジットカード利用時の上限金額の設定を実施しているが、3Dセキュア対応後は、利用者毎にそれぞれ異なる上限金額の範囲で利用できるようになる。