楽天は、2018年12月6日（木）より、丸善ジュンク堂書店が運営する全国73店舗の「ジュンク堂書店」「丸善」「MARUZEN＆ジュンク堂書店」で楽天ペイ（アプリ決済）の利用が可能になったと発表した。
楽天ペイ（アプリ決済）は、事前に楽天会員でログインし、クレジットカードを登録しておくと、スマホアプリだけで支払ができるサービスだ。
丸善ジュンク堂書店では、アプリに表示されたバーコードを店頭で読み取ってもらうことで支払うことができる。支払時には登録済みのクレジットカードのポイントだけでなく、200円（税込）につき楽天スーパーポイントが1ポイント貯まる。貯まったポイントは1ポイント＝1円として利用することも可能だ。
なお、丸善ジュンク堂書店では、hontoポイントとPontaポイントまたはdポイントを同時に貯められることもできるため、楽天ペイ（アプリ決済）前に提示することで、さらにポイントが貯められる。