LINE Payは、2018年6月28日（木）より「LINE Pay店舗用アプリ」の提供を開始した。
LINE Pay店舗用アプリでは、LINE Payのコード決済に対応し、「店舗アカウント」と連携することで友達にメッセージを配信できるメッセージ機能も搭載している。決済をきっかけに、その後の販促まで活用することが可能だ。
アプリをダウンロード後、加盟店加入の手続きが必要となる。なお、2018年8月1日（水）～2021年7月31日（土）までの間、「LINE Pay店舗用アプリ」のQRコード決済手数料を無料化する特典も用意される。
また、LINE Pay利用者向けのインセンティブプログラム「マイカラー」制度も2018年8月からコード決済を優遇する。マイカラーのグリーン、ブルー、レッド、ホワイトの4色のカラーバッジ保有者の場合、コード決済をすると、それぞれの還元率に加えて＋3％のLINEポイントを付与する。ホワイトの場合は還元率が0％だが、コード決済の場合は3％となる。