LINE Payは、2017年12月20日（水）よりジャパンネット銀行の口座から直接チャージが可能になるサービスを開始した。
ジャパンネット銀行に口座を保有している利用者は、LINE Payのチャージ画面でジャパンネット銀行を選択し口座を登録することで、2回目以降はアプリ内の操作のみでLINE Payへのチャージが可能となる。
LINE Pay残高は、ローソンなどでアプリ決済することもできるが、LINE Payカードを利用することで2％分のLINEポイントを貯めることもできる。
ジャパンネット銀行との提携で、LINE Payにチャージできる銀行は50行目になった。